Пермакультура использует несколько специальных методов проектирования. К ним относятся:

• метод зон — элементы должны располагаться исходя из их функций и того внимания, которое на них уделяет человек по пяти функциональным зонам. К ним относятся: зона огорода. зона лесосада, зона для расположения животных и основных питательных культур, зона продуктивного леса и зона нетронутого первозданного леса.
• метод секторов — наибольшая эффективность работы элементов достигается исходя из тех или иных факторов, влияющих на сектор, в котором они располагаются. Участок может быть разделен на солнечные и теневые сектора, на пожароопасный и подтопляемый сектора, на ветреный и безветренный сектора и др.;
• метод учета уклонов — сам по себе рельеф является базовой отправной точкой для проектирования пермакультурного хозяйства, учет расположения, протяженности и угла уклонов — главный метод в пермакультурном дизайне;
• метод учета ориентации — северная или южная сторона участка требуют своих подходов к проектированию;
• метод функционального анализа — взаимное расположение элементов осуществляется исходя из тех функций, которые они выполняют, их потребностей и особенностей;
• метод случайной компановки — собственно творческий подход к размещению элементов относительно друг друга;
• метод исключений — при проектировании можно действовать не только исходя из того, где разместить элемент, но и из того, где ему точно быть не следует;
• метод наложения данных — имеется виду наложения данных по водной системе на данные топосъемки, наложение расположения дорог, зданий и сооружений на данные по размещению водной системы, чтобы не получилось так, что сараи с животными у нас располагаются прямо под дамбой;
• метод уроков природы — какими бы не были теоретические знания человечества о земле, растениях и животных на этой земле, самым верным способом выбрать место посадки или места расположения домиков животных, это подглядеть аналогичные ситуации в самой природе

Возможно не все методы пермакультурного дизайна Вы сможете применить при проектировании своего пермакультурного хозяйства, но чем больше вы поработаете над своим проектом, тем меньше в дальнейшем Вам придется переделывать «по живому»